Научно-исследовательский институт прикладной акустики (НИИПА) создан в 1994 году для проведения научных исследований в области акустики и гидроакустики, разработки технических средств моделирования акустических полей и измерения их параметров, создания акустических стендов, используемых для исследования акустических колебаний в приземном слое атмосферы и для испытания воздействия акустических колебаний на ракетное оборудование.

В марте 2005 года распоряжением Правительства Российской Федерации НИИПА был передан в ведение Федеральной службы по техническому и экспортному контролю (ФСТЭК России). В результате чего к традиционным задачам НИИПА, занимавшегося акустическими исследованиями и разработками, в том числе по заказам Минобороны России, добавились новые, связанные с исследованиями и разработками в интересах обеспечения полномочий, возложенных на ФСТЭК России.

Новые направления исследований и разработок включают в себя создание средств и методов контроля за экспортом продукции военно-технического назначения, разработку нормативно-методических документов и технических средств защиты информации от технических разведок (акустической сигнальной и гидроакустических), а также разработку и проведение испытаний средств и методов обеспечения безопасного функционирования предприятий и организаций в условиях повышенной химической, радиационной и экологической опасности и неблагоприятной эпидемической обстановки. Одним из перспективных направлений деятельности предприятия является разработка нанокомпозитных материалов и создание на их основе комплексов, систем и устройств технического и экспортного контроля, проведение их испытаний, производство и практическое применение по заявкам заинтересованных предприятий и организаций, а также разработка средств контроля, освещения и управления системами обеспечения безопасности и охраны заинтересованных предприятий и организаций.

Исследования в указанных целях проводятся с использованием новых технических средств и технологий, включая нанотехнологии, микросистемную технику, кластерные вычисления.

Для обеспечения решения новых задач и развертывания дополнительных направлений исследований и разработок в 2006 году была осуществлена реорганизация института, в результате которой созданы новые научно-исследовательские подразделения – Центр экспериментальной акустики (ЦЭА) и Центр высоких технологий (ЦВТ).

В 2008 году учреждено Общество с ограниченной ответственностью «Научно-технологический испытательный центр «Нанотех–Дубна». Центр предназначен для осуществления деятельности в Особой экономической зоне «Дубна». Сфера деятельности: исследования, разработка технологий и освоение экспериментального производства квантовых точек в целях дальнейшего их использования в качестве материалов функциональных элементов фоточувствительных, фотогальванических и оптоэлектронных систем.

В 2008 году грантами РФФИ поддержаны следующие проекты сотрудников предприятия:

• Принципы создания аналитических чипов на основе эффекта индуктивно-резонансного переноса энергии с использованием квантовых точек и оптического усиления сигнала.
• Разработка фундаментальных основ кинетической спектроскопии и создание на ее основе элементов спецтехники.

В 2009 году Наблюдательным советом Российской корпорации нанотехнологий (РОСНАНО) одобрен проект по разработке новых технологий получения наночастиц. Госкорпорация планирует начать его софинансирование с 2010 года.

В 2009 году, Рособоронзаказ, ФСВТС России, Ростехрегулирование, Госкорпорация «Росатом», РСПП, АНО «Военный Регистр». Получен Сертификат соответствия, система добровольной сертификации «Военный Регистр».

В 2010 году получен Диплом, за многолетнюю, плодотворную деятельность и высокие достижения в области обеспечения качества продукции оборонного назначения и эффективности системы менеджмента качества предприятия,  система добровольной сертификации «Военный Регистр».

В 2011 году, Федеральное Агентство по Техническому Регулированию и Метрологии, ФГУП «УНИИМ», получено Свидетельство об аттестации методики (метода) измерений «Полупроводниковые коллоидные квантовые точки».

В 2012 году подготовлен уникальный лабораторный производственно – измерительный комплекс по созданию многофункциональных тонкоплёночных покрытий и исследованию их характеристик.

В 2012 году, Федеральная Служба по Аккредитации, получен Аттестат аккредитации испытательной лаборатории «Центр».

В 2012 году, Российский речной регистр. Получено Свидетельство о признании, возможность выполнять следующие работы: - ремонт,  монтажно – наладочные работы судового электрооборудования; - дефектация  кабельных трасс  устройством «ДИПСЭЛ» на судах классом Российского Речного Регистра.

В 2013 году,  Министерство транспорта  Российской Федерации  федеральная служба по надзору в сфере транспорта. Получена Лицензия на перевозки внутренним водным транспортом пассажиров.

В 2013 году, Российский речной регистр. Получено Свидетельство о признании, возможность выполнять следующие работы: - проверка и испытания (спасательных кругов и набивных спасательных жилетов) с оформлением соответствующих документов.

В 2013 году Российский речной регистр. Получено Свидетельство о признании, возможность выполнять следующие работы: - разработка технической документации по электрооборудованию; - монтаж и наладка пожарной сигнализации на судах классом РРР.

В 2014 году, Министерство Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий. Получена Лицензия на осуществление  деятельности по монтажу, техническому обслуживанию и ремонту средств обеспечения пожарной безопасности зданий и сооружений.